我将一些用于Sanger测序的样品发送给商业机构。我能够使用命令读取它们发送的文件
from Bio import SeqIO
from Bio import Seq
rec = SeqIO.read("isolation-round4/3dr23_Forward.ab1",'abi-trim').seq
但是最近,由于搬迁,我们不得不将样品发送到其他地方进行测序。现在,如果我尝试在输出上运行相同的命令,则会收到错误消息:
UnboundLocalError: local variable 'qual' referenced before assignment
在
File "C:\Users\Anaconda3\lib\site-packages\Bio\SeqIO\AbiIO.py",line 462,in AbiIterator letter_annotations={"phred_quality": qual}
在处理此问题方面,我将不胜感激。这是two files,如果您想看看的话,一种有效,一种无效。
在此先感谢您的帮助!