在Ubuntu中，RMongo安装失败，出现Segmentation Fault

我已经过去几个小时试图安装RMongo包与以下输出：

我也发现了同样的错误，试图安装xlsx 。

我不知道过去的发行版有什么变化，因为我已经在Ubuntu 16.04.2和Ubuntu 17.04上试了这个，结果也一样。

这是Ubuntu 16.04.2发行版中R环境的描述：

LD_PRELOAD堆栈和数据段的内存分配

有没有办法将kptr_restrict设置为0？

目前的Linux内核debugging技术

Linux CFS计划代码在哪里？

在内核代码中获取当前的工作目录

> sessionInfo() R version 3.4.0 (2017-04-21) Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) Running under: Ubuntu 16.04.2 LTS Matrix products: default BLAS: /usr/lib/libblas/libblas.so.3.6.0 LAPACK: /usr/lib/lapack/liblapack.so.3.6.0 locale: [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C [3] LC_TIME=es_ES.UTF-8 LC_COLLATE=en_US.UTF-8 [5] LC_MONETARY=es_ES.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8 [7] LC_PAPER=es_ES.UTF-8 LC_NAME=C [9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C [11] LC_MEASUREMENT=es_ES.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C attached base packages: [1] stats graphics Grdevices utils datasets methods base loaded via a namespace (and not attached): [1] compiler_3.4.0 tools_3.4.0 tcltk_3.4.0

任何想法可以发生什么？

如何通过drm（Linux）创buildopengl上下文

make命令中的M选项，Makefile

内核版本为CentOS 7：内核固件不生成

在MIPS（Linux）上获取指向当前转换表的指针

/ proc / sys / kernel / sched_child_runs_first是否工作？

linux-image-3.13.0-121-generic和linux-image-4.4.0-81-generic包含一个针对Stack Clash漏洞的修复程序。

内核更新要小心，修复了这个漏洞。当前的补丁破坏了许多java（sun / oracle和openjdk）应用程序。请参阅错误＃1699772：linux-image-4.4.0-81-generic，linux-image-3.13.0-121-generic回归：许多用户空间应用程序崩溃。解决办法是用旧内核临时重启系统（在Trusty中为linux-image-3.13.0-119-generic）。

Ubuntu内核开发人员将在几天内准备新的补丁。

更新：最新更新（至少image-4.4.0-83-generic，linux-image-4.8.0-58-generic，linux-image-4.10.0-26-generic）修复了这个漏洞和用户空间问题程式。

这不能解决我遇到的与RMongo有关的问题，但为我解决了这个问题，所以我希望它能有用。

我继续做一些测试。由于这个问题是在RMongo突然停止工作时开始的，考虑到我有一个类似的工作正常，我开始比较这两个环境。

我已经检查过，在失败的系统中，执行了一些软件更新（您可以在下面检查它们）：

The following NEW packages will be installed libmircommon7 libmircore1 linux-headers-4.4.0-81 linux-headers-4.4.0-81-generic linux-image-4.4.0-81-generic linux-image-extra-4.4.0-81-generic The following packages will be upgraded: click firefox firefox-locale-en flashplugin-installer gir1.2-click-0.4 google-chrome-stable grub-common grub-pc grub-pc-bin grub2-common libc-bin libc-dev-bin libc6 libc6:i386 libc6-dbg libc6-dev libclick-0.4-0 libepoxy0 libgnutls-openssl27 libgnutls30 libmirclient9 libmircookie2 libmirprotobuf3 libmwaw-0.3-3 libnss3 libnss3-nssdb libqt5concurrent5 libqt5core5a libqt5dbus5 libqt5gui5 libqt5network5 libqt5opengl5 libqt5printsupport5 libqt5sql5 libqt5sql5-sqlite libqt5test5 libqt5widgets5 libqt5xml5 libssl-dev libssl-doc libssl1.0.0 libvlc5 libvlccore8 libzzip-0-13 linux-firmware linux-headers-generic linux-image-generic linux-libc-dev locales multiarch-support openssl python3-click-package vlc vlc-data vlc-nox vlc-plugin-notify vlc-plugin-samba

所以，我一个一个地检查了这个包，结果发现问题的根源是新的内核4.4.0-81 。

为了确定这是问题的根源，我通过Ubuntu发行版启动了我在笔记本电脑中使用的以前版本的内核： 4.4.0-79

这是安装的结果：

> install.packages("RMongo") Installing package into '/usr/local/lib/R/site-library' (as 'lib' is unspecified) --- Please select a CRAN mirror for use in this session --- trying URL 'https://pbil.univ-lyon1.fr/CRAN/src/contrib/RMongo_0.0.25.tar.gz' Content type 'application/x-gzip' length 4169519 bytes (4.0 MB) ================================================== downloaded 4.0 MB * installing *source* package 'RMongo' ... ** package 'RMongo' successfully unpacked and MD5 sums checked ** R ** inst ** preparing package for lazy loading ** help *** installing help indices ** building package indices ** testing if installed package can be loaded * DONE (RMongo) The downloaded source packages are in '/tmp/RtmpJScKfz/downloaded_packages' > install.packages("xlsx") Installing package into '/usr/local/lib/R/site-library' (as 'lib' is unspecified) trying URL 'https://pbil.univ-lyon1.fr/CRAN/src/contrib/xlsx_0.5.7.tar.gz' Content type 'application/x-gzip' length 312839 bytes (305 KB) ================================================== downloaded 305 KB * installing *source* package 'xlsx' ... ** package 'xlsx' successfully unpacked and MD5 sums checked ** R ** inst ** preparing package for lazy loading ** help *** installing help indices ** building package indices ** installing vignettes ** testing if installed package can be loaded * DONE (xlsx) The downloaded source packages are in '/tmp/RtmpJScKfz/downloaded_packages'

这两个软件包， xlsx和RMongo ，现在都已成功安装并正在运行。

我也检查了xlsx和RMongo之间的关系，恐怕下面的问题是rJava （共同依赖）。事实上，为了确保这一点，我已经做了与其他软件包rJava依赖（ RWeka ）的测试，我有同样的问题，更改内核版本后解决。

==更新==

在最后一次内核更新之后，从4.4.0-81到4.4.0-83，问题已经修复。

同样的问题（至少对于包“xlsx”）发生在Ubuntu 14.04 LTS内核3.13.0-121-generic。用以前的内核（3.13.0-119-generic）进行引导时，安装工作和库加载。

更新：问题似乎在Ubuntu 14.04 LTS中被新内核3.13.0-123-generic解决

在Ubuntu中，RMongo安装失败，出现Segmentation Fault

相关文章