如何读取核分割数据集的TCGA注释格式？

编程问答 2022-06-13

问题描述

我对这个核分割数据集感兴趣：https://nucleisegmentationbenchmark.weebly.com/

但是格式在TCGA.xml文件中，如下所示：

<Annotations MicronsPerPixel="0.252000">
    <Annotation Id="1" Name="" ReadOnly="0" NameReadOnly="0" LineColorReadOnly="0" Incremental="0" Type="4" LineColor="65280" Visible="1" Selected="1" MarkupImagePath="" MacroName="">
        <Attributes>
            <Attribute Name="Description" Id="0" Value=""/>
        </Attributes>
        <Regions>
            <RegionAttributeHeaders>
                <AttributeHeader Id="9999" Name="Region" ColumnWidth="-1"/>
                <AttributeHeader Id="9997" Name="Length" ColumnWidth="-1"/>
                <AttributeHeader Id="9996" Name="Area" ColumnWidth="-1"/>
                <AttributeHeader Id="9998" Name="Text" ColumnWidth="-1"/>
                <AttributeHeader Id="1" Name="Description" ColumnWidth="-1"/>
            </RegionAttributeHeaders>
            <Region Id="2" Type="0" Zoom="5" Selected="0" ImageLocation="" ImageFocus="0" Length="126.0" Area="1049.3" LengthMicrons="31.8" AreaMicrons="66.6" Text="" NegativeROA="0" InputRegionId="0" Analyze="1" displayId="2">
                <Attributes/>
                <Vertices>
                    <Vertex X="96.400000" Y="70.800000"/>
                    <Vertex X="96.600000" Y="71"/>
                    <Vertex X="96.600000" Y="71.400000"/>
                    <Vertex X="96.400000" Y="71.800000"/>
                    <Vertex X="96.200000" Y="72"/>
                    <Vertex X="96" Y="72"/>
                    <Vertex X="95.800000" Y="72.200000"/>
                    <Vertex X="95.600000" Y="72.400000"/>
                    <Vertex X="95.400000" Y="72.600000"/>
                    <Vertex X="95" Y="72.800000"/>
                    <Vertex X

我不太了解如何阅读它，以便将其转换为图像蒙版，然后可以将其输入到我的库中。请帮助我，非常感谢。

更新：注释文件：file

我想从中提取每个像素的遮罩，以便知道每个像素属于哪个类别。

解决方法

暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！

如果你已经找到好的解决方法，欢迎将解决方案带上本链接一起发送给小编。

小编邮箱:dio#foxmail.com (将#修改为@）

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