由于特定的 RegEx，如何使用 mutate(across()) 更改列？

问题描述

我对 mutate(across()) 函数有疑问。 在您可以在下面看到的小标题中，我想删除列中的“字母 + 下划线”（例如“p__”、“c__”等）。

A tibble: 2,477 x 4
   Phylum                Class                   Order               Family                 
   <chr>                 <chr>                   <chr>               <chr>                  
 1 " p__Proteobacteria"  " c__Gammaproteobacter~ " o__Aeromonadales" " f__Aeromonadaceae"   
 2 " p__Bacteroidota"    " c__Bacteroidia"       " o__Bacteroidales" " f__Williamwhitmaniac~
 3 " p__Fusobacteriota"  " c__Fusobacteriia"     " o__Fusobacterial~ " f__Leptotrichiaceae" 
 4 " p__Firmicutes"      " c__Clostridia"        " o__Clostridiales" " f__Clostridiaceae"   
 5 " p__Proteobacteria"  " c__Gammaproteobacter~ " o__Enterobactera~ " f__Enterobacteriacea~
 6 " p__Bacteroidota"    " c__Bacteroidia"       " o__Bacteroidales" " f__Williamwhitmaniac~
 7 " p__Firmicutes"      " c__Clostridia"        " o__Lachnospirale~ " f__Lachnospiraceae"  
 8 " p__Bacteroidota"    " c__Bacteroidia"       " o__Cytophagales"  " f__Spirosomaceae"    
 9 " p__Proteobacteria"  " c__Gammaproteobacter~ " o__Burkholderial~ " f__Comamonadaceae"   
10 " p__Actinobacteriot~ " c__Actinobacteria"    " o__Frankiales"    " f__Sporichthyaceae"  
# ... with 2,467 more rows

一年前我使用了命令

table <- table %>% 
  mutate_at(vars(Phylum,Class,Order,Family),funs(sub(pattern = "^([a-z])(_{2})",replacement = "",.)))

现在，它提示我不再支持 funs-function 并且它不再起作用。 你对我有什么建议吗？ 我想过：

taxon <- c("Phylum","Class","Order","Family")
table <- table %>% 
  mutate(across(taxon),gsub(pattern = "^([a-z])(_{2})",.))

但在这里我得到了错误：

Error: Invalid index: out of bounds

非常感谢:) 凯瑟琳

解决方法

你可以这样做：

library(dplyr)

taxon <- c("Phylum","Class","Order","Family")
table <- table %>%  mutate(across(taxon,~gsub(pattern = "^([a-z])(_{2})",replacement = "",.)))

我没有你的数据来确认这一点，但字符串开头似乎有一个空格，应该先删除。

table <- table %>%  mutate(across(taxon,trimws(.))))