如何在 datefame 中添加新列并同时变异？

问题描述

我想计算每个组织类别（肿瘤和基质）中每种表型（Ki67、cPARP、阴性）细胞的数量。我已经成功地制作了 2 个名为 Tumor 和 Stroma 的额外列，它将两个组织类别从之前的一个（组织类别）分为两列。

我想要总共 6 个新列，它们是 Tumor Ki67、Stroma Ki67、Tumor cPARP、Stroma
cPARP、Tumor Negative、Stroma Negative，这些将具有唯一的细胞 ID，然后我可以使用函数计数来计算这些列中的每一列中的单个细胞。我附上了我到目前为止所做的事情的图片。

这是我目前拥有的

 library(tidyverse)
 library(phenoptr)



 mydata <- read_cell_seg_data(choose.files())
 mydatabackup <- mydata

#what are the unique phenotypes?

unique_phenotypes(mydata)

colnames(mydata)
#what are the unique tissue categories?
TissueCategory_Column <- mydata$`Tissue Category`
length(TissueCategory_Column)

TissueCategory_unique <- unique(TissueCategory_Column)
length(TissueCategory_unique)
#how do you filter on tumour and stroma to remove cells identified in necrosis and background?
filter_tc <- mydata %>% filter(`Tissue Category`!="Background",`Tissue Category`!= "Necrosis")

#how many of each phenotype are there in the tumour and the stroma?
count(filter_tc,'Tissue Category',Phenotype)
library(tidyverse)

data_wide <- spread(filter_tc,Phenotype)
data_wide
how many of each phenotype are there in the tumour and the stroma?
lapply(unique(filter_tc$Phenotype),function(x){ sum(filter_tc$Phenotype==x) })

Tried count

原表：

解决方法

当您尝试使用 count 时，它不起作用，因为 'Tissue Category' 周围有引号。改用反引号：

count(tissue_tc,`Tissue Category`,Phenotype)

当您使用引号时，您指的是字符串 'Tissue Category' 而不是列 Tissue Category。