使用 Python 脚本将 XML 导入 Orange3

问题描述

我的计算机中有一个 xml 文档，如下所示：

<?xml version="1.0" encoding=UTF-8"?>
<IPDatas xmlns:xsi="http://www.w3.org/...>
   <datas>
      <dna>
         <profile>
            <loci>
               <locus name="one">
                  <allele order="1">10</allele>
                  <allele order="2">12.3</allele>
               </locus>
               <locus name="two">
                  <allele order="1">11.1</allele>
                  <allele order="2">17</allele>
               </locus>
               <locus name="three">
                  <allele order="1">13.2</allele>
                  <allele order="2">12.3</allele>
               </locus>
            </loci>
         </profile>
      </dna>
   </datas>
</IPdatas> 

我想将文档导入 Orange 而不先将其转换到 Orange 之外，因此我可能需要使用“Python 脚本”小部件。导入后，我想把它转换成这样的表格：

one_1	one_2	two_1	two_2	three_1	three_2
10	12.3	11.1	17	13.2	12.3

我对 Python 的了解很差，所以任何建议将不胜感激！

解决方法

类似于以下内容：

import xml.etree.ElementTree as ET
import pprint


xml = '''
<IPDatas xmlns:xsi="http://www.w3.org/...">
   <datas>
      <dna>
         <profile>
            <loci>
               <locus name="one">
                  <allele order="1">10</allele>
                  <allele order="2">12.3</allele>
               </locus>
               <locus name="two">
                  <allele order="1">11.1</allele>
                  <allele order="2">17</allele>
               </locus>
               <locus name="three">
                  <allele order="1">13.2</allele>
                  <allele order="2">12.3</allele>
               </locus>
            </loci>
         </profile>
      </dna>
   </datas>
</IPDatas> '''

data = {}
root = ET.fromstring(xml)
locus_lst = root.findall('.//locus')
for locus in locus_lst:
    name = locus.attrib['name']
    allele_lst = locus.findall('allele')
    for allele in allele_lst:
        final_name = f"{name}_{allele.attrib['order']}"
        value = float(allele.text)
        data[final_name] = value
pprint.pprint(data)

输出（您应该能够与 Orange 一起使用的字典）

{'one_1': 10.0,'one_2': 12.3,'three_1': 13.2,'three_2': 12.3,'two_1': 11.1,'two_2': 17.0}