R：apt-get install r-cran-foo vs. install.packages(“foo”)

在Ubuntu下安装R包(在本例中为mcmcpack)时，可以选择以下两种安装方式：

# Let the distribution's packaging system take care of installation/upgrades
apt-get install r-cran-mcmcpack

# Let R take care of installation/upgrades
install.packages("mcmcpack")

问题：

>安装R软件包的两种方法中有哪一种被认为是“最佳实践”？
假设我先安装包(“mcmcpack”)，然后安装apt-get install r-cran-mcmcpack – 我应该期待什么麻烦吗？
>假设我第一次apt-get安装r-cran-mcmcpack和以后的install.packages(“mcmcpack”) – 我应该期待麻烦吗？

这不像看起来那么容易。

> apt-get update是好的，如果和什么时候

>包存在 – 但是在CRAN的2100个包中，只有大约150个左右的r-cran- *包，所以相当稀疏
>包保持，无bug和最新
你可以用Ubuntu的两年一度的版本来开心

> install.packages()和更新update.packages()是好的，如果和什么时候

>你知道要安装内置时间依赖(除了r-base-dev)需要什么
>你不介意手动运行update.packages()以及apt-get更新。

在我的Ubuntu机器的工作，我去与第二个解决方案。但是因为第一个更好，如果你有足够的覆盖，我们已经建立了cran2deb，它为amd64和i386提供了2050个二进制deb包，但是仅适用于Debian测试。这就是我在家里使用的

关于你是否应该期待麻烦的最后一个问题：不，因为R_LIBS_SITE在/ etc / R / Renvironment中设置为

# edd Apr 2003  Allow local install in /usr/local,also add a directory for
#               Debian packaged CRAN packages,and finally the default dir 
# edd Jul 2007  Now use R_LIBS_SITE,not R_LIBS
R_LIBS_SITE=${R_LIBS_SITE-'/usr/local/lib/R/site-library:\
/usr/lib/R/site-library:/usr/lib/R/library'}

这意味着您的软件包进入/usr/local/lib / R / site-library，而由apt管理的软件包进入/ usr / lib / R / site-library和(在基本软件包的情况下)/ usr / lib / R /库。

希望澄清事宜。 r-sig-debian邮件列表是一个更加了解这个问题的地方。

R：apt-get install r-cran-foo vs. install.packages(“foo”)

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