linux – 在shell脚本中,如何结合使用`Rscript`和`Unix`命令？

我目前正在尝试将R文件作为Rscript文件运行.我在script.sh文件中有以下代码：

#!/bin/bash
cd documents
module load r

#!/usr/bin/env Rscript
mem2 <- 4+5
packageVersion("data.table")
save.image("OUT.RData")

但是,看起来在使用qsub script.sh运行之后,它会返回错误,说明如何识别多个命令.我做错了吗？谢谢！

解决方法

我认为你在shell中寻找一个“Here document”.这允许将文本传递给另一个解释器.例如：

#!/bin/bash
cd documents
module load r

/usr/bin/env Rscript -<<EOF
mem2 <- 4+5
packageVersion("data.table")
save.image("OUT.RData")
EOF

这里,调用Rscript(来自/usr/bin/env),在标准输入上,所有后续行都被传递,直到看到标记(此处为EOF).