结合R awk bash命令

我想结合awk和R语言.问题是我在指定的目录中有一组* .txt文件,我不知道文件中标题的长度.在某些情况下,我必须跳过25行,而在其他情况下,我必须跳过27等等.所以我想键入一些awk命令来获取要跳过的行数.一旦我有了这个值,我就可以用R开始处理数据了.

此外,在R文件中我将R和bash结合起来,所以我的代码如下所示：

!/usr/bin/env Rscript
...
argv <- commandArgs(T)
**error checking...**
import_file <- argv[1]
export_file <- argv[2]
**# your function call**
format_windpro(import_file,export_file)

我在哪里以及如何键入我的awk命令.谢谢！

我试着做你告诉我关于awk命令的事情,但我仍然得到一个错误.程序无法识别我的命令,所以我无法输入要跳到我的功能的行数.这是我的代码：

** nline< - paste('$(grep -n'm / s'import_file | awk -F“：”'{print $1}')')') nline< - scan(pipe(nline),quiet = T)** 我在第一列中查找模式m / s,以便知道我的头文本在哪里.我在W7下使用R.

解决方法

除了vincent使用系统的提示(“awk …”,intern = TRUE)之外,您还可以使用作为常用文本连接一部分的pipe()函数：

R> sizes <- read.table(pipe("ls -l /tmp | awk '!/^total/ {print $5}'"))
R> summary(sizes)
       V1          
 Min.   :       0  
 1st Qu.:     482  
 Median :    4096  
 Mean   :   98746  
 3rd Qu.:   13952  
 Max.   :27662342  
R>

在这里,我将命令输入awk,然后读取awk的所有输出,也可以是一行：

R> cmd <- "ls -l /tmp | awk '!/^total/ {sum = sum + $5} END {print sum}'"
R> totalsize <- scan(pipe(cmd),quiet=TRUE)
R> totalsize
[1] 116027050
R>

结合R awk bash命令

解决方法

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