如何从Rnw Sweave文件中提取所有代码块？

我收到了一个.Rnw文件,在尝试构建它所属的包时会出错.问题是,当使用RStudio中的工具检查包时,我没有得到任何有用的错误信息.所以我需要首先弄清楚错误发生在哪个代码行上.

为了弄清楚这一点,我写了这个5分钟的黑客攻击,将所有代码块放在一个单独的文件中.我有这种感觉,虽然我错过了一些东西.像运行脚本文件一样,提取Rnw文件中所有代码的简洁方法是什么？是否有一个函数要么全部提取,要么以这种方式运行所有可以找出错误发生在哪一行？

我的黑客：

ExtractChunks <- function(file.in,file.out,...){
  isRnw <- grepl(".Rnw$",file.in)
  if(!isRnw) stop("file.in should be an Rnw file")

  thelines <- readLines(file.in)

  startid <- grep("^[^%].+>>=$",thelines)
  nocode <- grep("^<<",thelines[startid+1]) # when using labels.
  codestart <- startid[-nocode]

  out <- sapply(codestart,function(i){
    tmp <- thelines[-seq_len(i)]
    endid <- grep("^@",tmp)[1]  # take into account trailing spaces / comments
    c("# Chunk",tmp[seq_len(endid-1)])
  })

  writeLines(unlist(out),file.out)

}

解决方法

这两种策略是Stangle(用于Sweave变体)和purl用于knitr变体.我对.Rnw文件的印象是它们或多或少相同,但purl也适用于其他类型的文件.

一些简单的例子：

f <- 'somefile.Rnw'
knitr::purl(f)
Stangle(f)

无论哪种方式,您都可以使用source运行创建的代码文件.

注意：This post描述了knitr选择性地清除块的块选项,这也可能有用.