在Ubuntu 18.04和R 4.0.2上安装tidyr时出错

问题描述

在尝试安装软件包tidyverse时，在安装依赖项tidyr时出现错误。

这是我收到的消息的结尾：

cpp11.cpp:31:100: error: ‘unmove’ is not a member of ‘cpp11’
     return cpp11::as_sexp(simplifyPieces(cpp11::unmove(cpp11::as_cpp<cpp11::list>(pieces)),cpp11::unmove(cpp11::as_cpp<int>(p)),cpp11::unmove(cpp11::as_cpp<bool>(fillLeft))));
                                                                                                    ^~~~~~
cpp11.cpp:31:138: error: ‘unmove’ is not a member of ‘cpp11’
     return cpp11::as_sexp(simplifyPieces(cpp11::unmove(cpp11::as_cpp<cpp11::list>(pieces)),cpp11::unmove(cpp11::as_cpp<bool>(fillLeft))));
                                                                                                                                          ^~~~~~
/usr/lib/R/etc/Makeconf:176: recipe for target 'cpp11.o' failed
make: *** [cpp11.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘tidyr’
* removing ‘/home/xxx/yyy/tidyr’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘tidyr’ had non-zero exit status

在我幼稚的眼中，问题似乎出在cpp11上。由于cpp11编译错误（R tidyr package installation failed due to cpp11 compilation error (expansion pattern x contains no argument packs)），我看到了与tidyr安装错误类似的问题，但这是针对RHEL系统的。

我的系统上安装了最新版本的gcc / c ++（4：7.4.0-1ubuntu2.3）。还安装了最新版本的系统依赖项libcurl4-openssl-dev libssl-dev libxml2-dev。

这是sessionInfo()的输出：

R version 4.0.2 (2020-06-22)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 18.04.5 LTS

Matrix products: default
BLAS:   /usr/lib/x86_64-linux-gnu/blas/libblas.so.3.7.1
LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/lapack/liblapack.so.3.7.1

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_CA.UTF-8       LC_NUMERIC=C               LC_TIME=en_CA.UTF-8        LC_COLLATE=en_CA.UTF-8     LC_MONETARY=en_CA.UTF-8    LC_MESSAGES=en_CA.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=en_CA.UTF-8       LC_NAME=C                  LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C             LC_MEASUREMENT=en_CA.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] rstudioapi_0.11   magrittr_1.5      usethis_1.6.1     devtools_2.3.1    pkgload_1.1.0     R6_2.4.1          rlang_0.4.7       fansi_0.4.1       tools_4.0.2      
[10] pkgbuild_1.1.0    sessioninfo_1.1.1 cli_2.0.2         withr_2.2.0       ellipsis_0.3.1    remotes_2.2.0     assertthat_0.2.1  digest_0.6.25     rprojroot_1.3-2  
[19] crayon_1.3.4      processx_3.4.3    callr_3.4.3       fs_1.5.0          ps_1.3.3          curl_4.3          testthat_2.3.2    memoise_1.1.0     glue_1.4.1       
[28] compiler_4.0.2    desc_1.2.0        backports_1.1.8   prettyunits_1.1.1

解决方法

@hadley似乎几天前基于新的cpp11软件包https://github.com/tidyverse/tidyr/releases发布了对tidyr的更新。

由于某种原因，这导致提迪尔无法为我们建造。

我们的（希望是临时的！）解决方法是这样的：

（1）删除对tidyverse的依赖。而是明确地依赖子包（例如dplyr / ggplot2 / etc）

（2）通过以下方式安装tidyr：

packageurl <- "https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/tidyr/tidyr_1.1.0.tar.gz"
install.packages(packageurl,repos=NULL,type="source")

,

看起来以下提交正在解决此问题，尽管不确定何时将其推送到CRAN：https://github.com/r-lib/cpp11/commit/779669a4d0b07e9f9d9382114f44e4f6ff68eebb

,

我在这里找到以下内容：https://github.com/tidyverse/tidyr/issues/1024

解决方法是将cpp11降级到版本0.1：

devtools::install_version("cpp11",version = "0.1",repos = "http://cran.us.r-project.org")

,

根据@ djacobs7，@ mkamenet3和@Leandro R. M. de Marco的回答，我最终实现了以下对我有用的解决方案。

1. 删除我从cran安装的echo blah-blah-blah | clip软件包。
2. 重新安装cpp11软件包，但这一次是从github，因为它包含@ mkamenet3提到的提交。

cpp11

1. 正常安装devtools::install_github("r-lib/cpp11")

tidyr