如何在Pheatmap中翻转分层聚类节点

问题描述

我有以下代码：

pheatmap::pheatmap(mtcars,clustering_method = "ward.D2")

哪个会生成如下图？

我想做的就是做到这些：

1. 将mpg和qsec节点移到wt之后。
2. 将disp和hp节点移到最左侧。

这是有效的做法吗？如果可以，我该如何实现？

更新

以下是marco marco的建议，并附有以下内容： tweek。我想出了完成此工作的这段代码：

phtmap <- pheatmap::pheatmap(mtcars)
col_dend <- phtmap[[2]]
col_dend <- dendextend::rotate(col_dend,order = c("hp","disp","vs","am","cyl","drat","gear","carb","wt","mpg","qsec") )
pheatmap(mtcars,cluster_cols=as.hclust(col_dend))

解决方法

也许这就是您想要的。

library(pheatmap)
library(seriation)
library(dendextend)

phtmap <- pheatmap(mtcars)
col_dend <- phtmap[[2]]
col_dend <- rotate(col_dend,order = rev(names(mtcars)[get_order(col_dend)]))

# The pheatmap with the same clustering of heatmaply
pheatmap(mtcars,cluster_cols=as.hclust(col_dend))