使用python 3.7在macOS终端中运行命令

问题描述

作为实习的一部分，我试图在python 3.7的macOS终端中从名为rsem的RNA-seq程序包运行命令。我使用的命令是“ rsem-calculate-expression sra_data.fastq ebola ebolaRNA”，其中sra_data.fastq是来自我的桌面上名为“ rsem”的文件夹的文件。目前，我的问题是我不知道如何从python运行终端以找到文件sra_data.fastq。我将如何编写文件路径，以便终端能够找到它？提前致谢！以下是我尝试编写的代码：

import subprocess

def expressionCalculation():
    expression = subprocess.run(['rsem-calculate-expression','sra_data.fastq','ebola','ebolaRNA'],capture_output=True)
    return expression

解决方法

暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！

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