使用Nextflow压缩文件时出现问题

问题描述

我尝试在Nextflow管道中使用后缀“ .js”压缩文件。 我的问题是，'result.tar.gz'存档仅包含指向原始文件的软链接，而不包含实际文件。

有人知道这个问题的答案吗？

我的示例代码：

#!/usr/bin/env nextflow

a_ch  = Channel
    .fromPath('a.js')

b_ch = Channel
    .fromPath('b.js')

process testTar {
    publishDir ".",mode: 'copy',pattern: "*.tar.gz"

    input:
    path "a.js" from a_ch
    path "b.js" from b_ch

    output:
    path("result.tar.gz") into results_ch

    """
    tar -czvf "result.tar.gz" *.js
    """
}

谢谢。

解决方法

我不知道您有什么焦油，但是请尝试在选项中添加h，例如-chzvf，以取消引用符号链接。