在circlize中添加基因组特征轨迹时出错

问题描述

我正在尝试从BED文件生成具有简单基因组符号的杂技表演图。但是，当我使用circos.genomeRect时，会导致错误，或者出现的轨迹没有绘制矩形，而是绘制半圆，如下所示。

考虑以下可重现的示例：

library("circlize")
library("tidyverse")

circos.par(start.degree = 90,cell.padding = c(0,0),#points.overflow.warning=FALSE,track.height = 0.10   
)

# Initialize genome (bed file with genome sizes)
genome <- tibble(chr=c("chr1","chr2"),start = c(1,1),end = c(6000000,3000000))
circos.genomicInitialize(genome,plotType = c("axis"),major.by = 1000000)

# Add track with annotation
feature <- tibble(chr = c("chr1","chr1"),start = c(2500,4500000),end = c(4150000,6350000))
circos.genomicTrack(feature,ylim=c(0,panel.fun = function(region,value,...) {
                      circos.genomicRect(region,ytop.column = 1,ybottom = 0,col="blue")
                    })
circos.clear()

这将返回错误：

if（sum（l）&& circos.par（“ points.overflow.warning”））中的错误{ 缺少需要TRUE / FALSE的值

此外：警告消息： 在is.na（x）| is.na（y）： if（sum（l）&& circos.par（“ points.overflow.warning”））{中的错误 缺少需要TRUE / FALSE的值

在这一点上，如果在上面的points.overflow.warning=FALSE中设置了circos.par，则错误消失了，但是还必须发生其他错误，这不会绘制矩形：

我错过了什么吗？这个简单的例子怎么了？谢谢

编辑

我刚刚注意到，我绘制的特征数据框有一个坐标错误，因为它的延伸长度超过了染色体的实际大小。但是，如果此问题已解决，例如：feature <- tibble(chr = c("chr1",5350000))，则会出现一个新错误！

警告信息： 在is.na（x）| is.na（y）： 较长的物体长度不是较短的物体长度的倍数

解决方法

它似乎适用于data.frame而不是tibble：

library("circlize")

circos.par(start.degree = 90,cell.padding = c(0,0),#points.overflow.warning=FALSE,track.height = 0.10   
)

# Initialize genome (bed file with genome sizes)
genome <- data.frame(chr=c("chr1","chr2"),start = c(1,1),end = c(6000000,3000000))
circos.genomicInitialize(genome,plotType = c("axis"),major.by = 1000000)

# Add track with annotation
feature <- data.frame(chr = c("chr1","chr1"),start = c(2500,4500000),end = c(4150000,5350000))


circos.genomicTrack(feature,ylim=c(0,panel.fun = function(region,value,...) {
                      circos.genomicRect(region,col="blue")
                    })

circos.clear()

^{由reprex package（v0.3.0）于2020-08-11创建}