AWK替换列AFTER匹配的行

编程问答 2022-08-23

问题描述

我有一个从受体/配体对接预测返回的PDB文件。我不知道为什么程序的作者将受体和配体的链都命名为“ A”，但是我想对其进行更改。这应该是我想做的基本事情，而且我不确定为什么在互联网上找不到任何示例。我想做的很简单。

  1. 匹配一行，例如“ HEADER lig”
  2. 然后在该行之后的每一行中，将$ 5列替换为“ B”

以下是输入文件的示例：

ATOM   9197  OG  SER A1176     103.395 152.201 139.176  1.00  0.00      RA2  O
ATOM   9198  HG  SER A1176     104.092 151.786 138.659  1.00  0.00      RA2  H
ATOM   9199  C   SER A1176     101.857 153.749 136.254  1.00  0.00      RA2  C
ATOM   9200  O   SER A1176     102.183 152.962 135.366  1.00  0.00      RA2  O
TER
HEADER lig.006.10.pdb
ATOM      1  N   GLY A  25     182.812 181.892 153.587  1.00  0.00      LA0  N
ATOM      2  H   GLY A  25     182.954 182.546 152.840  1.00  0.00      LA0  H
ATOM      3  CA  GLY A  25     183.834 180.858 153.715  1.00  0.00      LA0  C
ATOM      4  C   GLY A  25     184.544 180.646 152.391  1.00  0.00      LA0  C
ATOM      5  O   GLY A  25     184.450 181.466 151.487  1.00  0.00      LA0  O
ATOM      6  N   PRO A  26     185.249 179.494 152.297  1.00  0.00      LA0  N
ATOM      7  CD  PRO A  26     185.371 178.458 153.319  1.00  0.00      LA0  C

我在下面尝试了此方法，但是它仅将匹配后的第一行的$ 5列替换。不确定为什么此示例中的任何地方都没有张贴任何内容。

awk '{ print; } /^HEADER lig/ { getline; $5="B"; print }' model.006.10.pdb

解决方法

awk '{ if (headerfound==1){ $5="B" }}/^HEADER/{ headerfound=1}{ print }'  mode.pdb

三个部分：

  1. headerfound==1 ==>将“ B”设置为第5列

  2. /^HEADER/ =>该行以标题开头吗？

  3. 只是一个简单的打印即可打印（最终更改）行。

简短说明 第2部分，在检查^HEADER之后检测headerfound==1，因为找到HEADER时，当前行是包含文本HEADER的行，我们不想将“ B”分配给第五行该行的列。

在下一行，我们首先检查上一行是否包含HEADER（headerfound == 1），并更新$ 5。

,

IIRC空格在这些“ PDB”文件中的字段之间很重要，因此这是一个保留空格的GNU awk解决方案：

$ awk 'f{$0=gensub(/((\S+\s+){4})\S+/,"\\1B",1)} /HEADER lig/{f=1} 1' file
ATOM   9197  OG  SER A1176     103.395 152.201 139.176  1.00  0.00      RA2  O
ATOM   9198  HG  SER A1176     104.092 151.786 138.659  1.00  0.00      RA2  H
ATOM   9199  C   SER A1176     101.857 153.749 136.254  1.00  0.00      RA2  C
ATOM   9200  O   SER A1176     102.183 152.962 135.366  1.00  0.00      RA2  O
TER
HEADER lig.006.10.pdb
ATOM      1  N   GLY B  25     182.812 181.892 153.587  1.00  0.00      LA0  N
ATOM      2  H   GLY B  25     182.954 182.546 152.840  1.00  0.00      LA0  H
ATOM      3  CA  GLY B  25     183.834 180.858 153.715  1.00  0.00      LA0  C
ATOM      4  C   GLY B  25     184.544 180.646 152.391  1.00  0.00      LA0  C
ATOM      5  O   GLY B  25     184.450 181.466 151.487  1.00  0.00      LA0  O
ATOM      6  N   PRO B  26     185.249 179.494 152.297  1.00  0.00      LA0  N
ATOM      7  CD  PRO B  26     185.371 178.458 153.319  1.00  0.00      LA0  C
awkpdb-filesprotein-databasesed