添加边箱图以显示表达水平

问题描述

我有一个类似的复杂热图，保存在对象hm

中

对于RPKM values和11 genes组的Responders (n=9)，我有Non responders(n=24)

我想在两组之间显示the difference of RPKM作为边箱图（或小提琴）

我已经尝试过了

head(df[1:5,1:5])
         1        2        3         4        5
1 2.863344 1.898928 3.478697 2.3757564 2.135660
2 4.212727 2.463784 7.684164 1.9982669 4.112562
3 2.272057 1.066807 1.308542 0.7091228 4.606245
4 3.225457 1.358011 2.204351 2.1995727 5.025283
5 2.766198 1.628747 2.806077 1.4850733 3.077352
> 

> dim(df)
[1] 11 33
> class(df)
[1] "data.frame"
> 

.boxplot = anno_boxplot(df,which = "row")
ha_mix_right = HeatmapAnnotation(violin = .violin,bxplt = .boxplot,which = "row",width = unit(4,"cm"))

hm+ha_mix_right

哪个给这个

但是，由此我们不能说例如RPKM中的CCND1值在非响应者中是否更高（我已经检查了这些基因在组之间的差异，因此我知道表达的方向级别）

我也尝试过，但没有成功

https://jokergoo.github.io/ComplexHeatmap-reference/book/more-examples.html#add-multiple-boxplots-for-single-row

这些可以在这里显示出来吗？

感谢您为实现这一目标提供的帮助

解决方法

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