我可以停止在Snakefile中并行执行的规则吗

问题描述

我试图将通过snakemake工作流程创建的文件串联起来作为最后一条规则。为了分隔和识别每个文件的内容，我首先在外壳中回显每个文件名作为分隔标签（请参见下面的代码）

rule cat:
    input:
        expand('Analysis/typing/{sample}_type.txt',sample=samples)        
    output:            
        'Analysis/typing/Sum_type.txt'        
    shell:            
        'echo {input} >> {output} && cat {input} >> {output}'

我一直在寻找这种格式的结果：

样本1的文件名

样本1的内容

样本1的文件名 2

样品2的含量

相反，我得到了以下格式：

样本1的文件名样本2的文件名...

样本1的内容 样品2的含量...

snakemake似乎先并行执行echo命令，然后再执行cat命令。我该怎么办才能得到我想要的格式？

谢谢

解决方法

暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！

如果你已经找到好的解决方法，欢迎将解决方案带上本链接一起发送给小编。

小编邮箱:dio#foxmail.com (将#修改为@）