R.在目录中许多数据帧的列表上运行lm函数错误：“字符”类型的无效“环境”参数

问题描述

我有一个包含1,200,000个.txt文件（数据帧）的目录。所有文件都具有相同的列名（ID SEX PV YPV APV GT N E Y M C A）。使用R，我创建了此目录中所有元素的列表：

library("plyr")
library("dplyr")
library("broom") 
library("tidyr")

snp_list <- list.files(pattern=".txt",all.files = T,full.names = F)

我想对列表中的每个元素应用一个函数：

pv1= lapply(snp_list,function(x) tidy(lm(PV ~ GT*SEX + M + GT*N,x)))

但是，出现此错误：

Error in eval(predvars,data,env) : 
invalid 'envir' argument of type 'character' 
9.eval(predvars,env) 
8.model.frame.default(formula = PV ~ GT * SEX + M + GT * N,data = x,drop.unused.levels = TRUE) 
7.stats::model.frame(formula = PV ~ GT * SEX + M + GT * N,drop.unused.levels = TRUE) 
6.eval(mf,parent.frame()) 
5.eval(mf,parent.frame()) 
4.lm(PV ~ GT * SEX + M + GT * N,x) 
3.tidy(lm(PV ~ GT * SEX + M + GT * N,x)) 
2.FUN(X[[i]],...) 
1.lapply(snp_list,function(x) tidy(lm(PV ~ GT * SEX + M + GT * N,x))) 

请帮助！

解决方法

snp_list只是文件名的向量，您需要读取数据。

library(broom) 
pv1= lapply(snp_list,function(x) tidy(lm(PV ~ GT*SEX + M + GT*N,read.table(x))))

您可能需要根据数据向read.table添加其他参数。