问题描述
在Snakemake中可能是一个非常基本的问题，但到目前为止我找不到答案。说我有样品清单
SAMPLES = ["A","B","C"]
典型的expand命令如下所示：
expand("{sample}.txt",sample=SAMPLES)
但是我想获得相同样本列表的组合（甚至排列）。
正在做
expand("{sample}-{sample}.txt",sample=SAMPLES)
会给你
A-A.txt,A-B.txt,A-C.txt,B-A.txt,B-B.txt,B-C.txt,C-A.txt,C-B.txt,C-C.txt
我想要的是：
A-B.txt,B-C.txt
在expand function的Snakemake文档中，他们说：
“默认情况下，expand使用python itertools函数product，该函数产生提供的通配符值的所有组合。但是，通过插入第二个位置参数，可以用任何组合函数代替，例如zip “
但是，我不能仅将product替换为itertools.combinations函数，因为据我从source code of expand所知，您不能给r（ expand的输出元组的长度）参数。做
import itertools
expand("{sample}-{sample}.txt",itertools.combinations,sample=SAMPLES)
返回错误'list' object cannot be interpreted as an integer。但是它可以与itertools.product一起使用。
我想我可以在调用expand之前用itertools.combinations在规则之外创建两个列表，但是我希望从Snakemake社区中找到一种优雅的方式。
谢谢！
解决方法
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