如何在Snakemake中使用扩展功能进行列表的排列或组合

问题描述

在Snakemake中可能是一个非常基本的问题，但到目前为止我找不到答案。说我有样品清单

SAMPLES = ["A","B","C"]

典型的expand命令如下所示：

expand("{sample}.txt",sample=SAMPLES)

但是我想获得相同样本列表的组合（甚至排列）。

正在做

expand("{sample}-{sample}.txt",sample=SAMPLES)

会给你

 A-A.txt,A-B.txt,A-C.txt,B-A.txt,B-B.txt,B-C.txt,C-A.txt,C-B.txt,C-C.txt

我想要的是：

A-B.txt,B-C.txt

在expand function的Snakemake文档中，他们说：

“默认情况下，expand使用python itertools函数product，该函数产生提供的通配符值的所有组合。但是，通过插入第二个位置参数，可以用任何组合函数代替，例如zip “

但是，我不能仅将product替换为itertools.combinations函数，因为据我从source code of expand所知，您不能给r（ expand的输出元组的长度）参数。做

import itertools
expand("{sample}-{sample}.txt",itertools.combinations,sample=SAMPLES)

返回错误'list' object cannot be interpreted as an integer。但是它可以与itertools.product一起使用。

我想我可以在调用expand之前用itertools.combinations在规则之外创建两个列表，但是我希望从Snakemake社区中找到一种优雅的方式。

谢谢！

解决方法

也许可以在expand内完成，但我认为如果没有它，生成感兴趣的列表会更容易。例如：

SAMPLES = ["A","B","C"]

combs = []
for x in itertools.combinations(SAMPLES,2):
    combs.append('%s-%s.txt' %(x[0],x[1]))

print(combs)                                                                                                                                                                                                                                                                      
['A-B.txt','A-C.txt','B-C.txt']

现在无论您在使用combs的地方使用expand(...)。考虑到expand只是一个便利函数，它返回一个列表，但您不一定必须使用它