如何从python中的DICOM文件获取仿射信息？

问题描述

我有一个带有DICOM文件的文件夹（例如CT扫描），我需要提取体积的仿射信息，因为我将生成一个遮罩，以后需要它来对齐体积和遮罩。

但是，我现在的解决方案根本不是最优的。我使用dicom2nifti软件包首先从包含DICOM文件的文件夹中创建一个nifti文件，然后使用nibabel打开创建的nifti文件。然后我得到仿射信息 nii.affine（其中nii是已加载的nifti文件python对象）。
这就是为什么创建nifti文件要花很多时间的原因。

如何使用python获取仿射矩阵？

解决方法

下面是一个基于https://nipy.org/nibabel/dicom/dicom_orientation.html#dicom-affine-formula的二维单切片仿射矩阵，使用pydicom，并将pydicom数据集ds传递给该函数。

import numpy as np 

def affine2d(ds):
    F11,F21,F31 = ds.ImageOrientationPatient[3:]
    F12,F22,F32 = ds.ImageOrientationPatient[:3]

    dr,dc = ds.PixelSpacing
    Sx,Sy,Sz = ds.ImagePositionPatient

    return np.array(
        [
            [F11 * dr,F12 * dc,Sx],[F21 * dr,F22 * dc,Sy],[F31 * dr,F32 * dc,Sz],[0,1]
        ]
    )

我仅针对标准[1，0，0，0，1，0]方向测试了几种情况。经过进一步的测试，我很乐意作为数据集方法添加到pydicom中。如同一链接所述，它也可以扩展到3d仿射（使用第一个和最后一个ImagePositionPatient）。