R dplyr ::通过用户定义的函数汇总组

问题描述

我有一个data.frame，其中包含三个变量（基因，样本，copy_number），我想对按基因名称分组的copy_number进行汇总统计。

我尝试在dplyr中使用summary函数，但一直失败。

我想要一些具有或多或少特定corrected_copy_number的样本

数据看起来像这样（被截断）

> sub.melt.df.annotations.cna.genes
       Gene_Names          sample corrected_copy_number
3234        BRCA1 sample1                     6
7317        BRCA2 sample1                     1
10500       ERBB2 sample1                     4
11258       GATA3 sample1                     3
3234        GATA3 sample2                     2
7317        BRCA2 sample2                     1
10500       ERBB2 sample2                     3
.
.
11258       GeneX sampleN                     #



> sub.melt.df.annotations.cna.genes %>% group_by(Gene_Names) %>% dplyr::summarise(count=n(),min(corrected_copy_number),gain=n((corrected_copy_number>2)))
Error: Problem with `summarise()` input `gain`.
x unused argument ((corrected_copy_number > 2))
ℹ Input `gain` is `n((corrected_copy_number > 2))`.
ℹ The error occurred in group 1: Gene_Names = "BRCA1".
Run `rlang::last_error()` to see where the error occurred.

感谢您的帮助

解决方法

将n(corrected_copy_number>2)替换为sum(corrected_copy_number>2)。