如何修复pydicom的dcmread前同步码错误？

问题描述

我在给定路径上确实存在的DICOM文件上遇到dcmread()问题。我不确定出了什么问题。这是我的代码：

import pydicom

f = "/exact/path/hi.dcm"
fn = get_testdata_file(f)
ds = pydicom.dcmread(fn)

ds.soPClassUID = ds.MediaStorageSOPClassUID

我遇到以下错误：

Traceback (most recent call last):
  File "addfields.py",line 14,in <module>
    ds = pydicom.dcmread(fn)
  File "/Users/user/opt/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/pydicom/filereader.py",line 871,in dcmread
    force=force,specific_tags=specific_tags)
  File "/Users/user/opt/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/pydicom/filereader.py",line 668,in read_partial
    preamble = read_preamble(fileobj,force)
  File "/Users/user/opt/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/pydicom/filereader.py",line 605,in read_preamble
    preamble = fp.read(128)
AttributeError: 'nonetype' object has no attribute 'read'

但是我不确定为什么，因为“ hi.dcm”是一个存在的文件（路径正确）并且内部包含元数据。我不知道什么是序言，以及它是否出现在我正在处理的图像中。

解决方法

免责声明：我是pydicom的撰稿人。

发生错误是因为get_testdata_file返回None，然后将其用作文件名。错误消息本身有点误导-在这种情况下，提高FileNotFound或ValueError可能会更好。相反，发生的事情是，首先读取的是前同步码（DICOM图像的标记，该标记由128个零字节组成，后跟'DICM'），并且在尝试读取该标记时，由于文件指针为{{ 1}}。

这是documentation for get_testdata_file：

返回具有文件名的第一个匹配数据集的绝对路径。

首先搜索本地pydicom数据存储，然后搜索任何本地可用的外部源，最后搜索pydicom / pydicom-data存储库中可用的文件。

因此这是一个便捷功能，主要用于查找pydicom测试数据文件。
如果您已经有了文件路径，则可以使用它：

None

对于前同步码，如果DICOM文件没有前同步码（旧的ACR-NEMA格式），则可以使用import pydicom fn = "/exact/path/hi.dcm" ds = pydicom.dcmread(fn) 参数读取此类文件：

force=True

尽管只有在您确实有这样的文件时才使用它，因为它还会尝试将非DICOM文件作为DICOM处理，这可能会导致一些意外的异常。如前所述，这种情况下的错误与丢失的前导码无关，而是与错误的文件路径有关。

更新：
在当前主版本以及ds = pydicom.dcmread(fn,force=True) 的未来2.1版本中，此行为已更改。如果通过pydicom，dcmread现在将通过有意义的消息引发TypeError。