有没有办法为单个Snakemake规则分配自己的作业脚本？

问题描述

说，我在同一工作流程中有两个Snakemake规则，具有不同的环境/内存要求。在Snakemake之外，我将根据作业的需要将两个不同的作业提交给群集，并指定不同的选项。有没有一种方法可以为不同的规则指定不同的作业脚本，以在Snakemake管道中复制此脚本？

解决方法

空字符串可用于您想要为不同规则打开和关闭的选项。

rule one:
  params:
    pe=""

rule two:
  params:
    pe="-pe sharedmem 4"

在命令行：

snakemake --cluster "qsub {params.pe}"