Snakemake：如何创建不带显式输出文件，仅具有指定输入和日志文件的规则？

问题描述

我想创建一个Snakemake规则，其中包含：输入，日志，shell节。没有输出，我只想作为命令的结果来捕获日志。

解决方法

只需告诉Snakemake日志文件就是输出：

rule myrule:
    input: "myfile.txt"
    output: "logfile.log"
    shell: "mycommand {input} > {output}"

,

您可以跳过output:，而仅在规则中使用log:。这些日志文件可用作目标或其他规则的输入。 As per the doc：

日志文件可以用作其他规则的输入，就像其他任何输出文件一样。但是，与输出文件不同，不会在出错时删除日志文件。显然，这是发现错误原因的必要条件，而错误原因可能在日志文件中变得可见。

所以代码如下：

rule some_rule:
    input: "a.txt"
    log: "a.log"
    shell: "mycommand {input} > {log}"

这里的优点是，与output文件不同，日志文件将在作业失败的情况下保留。但是，这种优势也是一个劣势，因为如果您重新运行管道，snakemake将不会重新运行失败的作业，因为规则的输出文件（即此处的日志文件）已经存在。因此，除非工作失败时日志保存很重要，否则使用Maarten-vd-Sande建议的解决方案可能会更好。