在skimage中为regionprops添加额外的属性

编程问答 2022-08-16

问题描述

我正在使用regionprops e（或scikit-imag）包中的skimage函数，使用同一包中的SLIC超像素算法来计算分割图像的区域特征。 / p>

除了功能中所计算的功能外，我还需要其他功能，主要是：标准差，偏度，峰度。

我使用其他功能作为模板修改了_regionprops.py的源代码，以包括这些属性：

    @property
    def sd_intensity(self):
        return np.std(self.intensity_image[self.image])

    @property
    def skew_intensity(self):
        return skew(self.intensity_image[self.image])

我知道这是不好的做法，不是长期的解决方案，因为我的代码无法在另一台计算机上运行，​​或者如果我更新skimage，则无法运行。

我发现函数skimage.measure.regionprops()有一个extra_properties=None参数，根据文档：

添加skimage不包含的额外属性计算功能。

我的问题是：我可以使用np.std获得一个有效的示例吗？我真的不知道如何使用此参数。

谢谢

解决方法

extra_properties仅使用带有区域蒙版和强度图像的函数列表作为参数。这是一个简单的示例：

from skimage import data,util
from skimage.measure import label,regionprops
import numpy as np
img = util.img_as_ubyte(data.coins()) > 110
label_img = label(img,connectivity=img.ndim)

def sd_intensity(regionmask,intensity_image):
        return np.std(intensity_image)

def skew_intensity(regionmask,intensity_image):
        return skew(intensity_image)
    
props = regionprops(label_img,intensity_image=img,extra_properties=(sd_intensity,skew_intensity))

您现在可以使用函数名称访问其他属性

props[0].sd_intensity
>>> 0.4847985617008998
,

我在skimage的dev分支的文档中找到了一个引用。它包含在0.18.dev0版本中

代码源：https://github.com/scikit-image/scikit-image/blob/master/skimage/measure/_regionprops.py#L1028

文档链接：https://scikit-image.org/docs/dev/api/skimage.measure.html#skimage.measure.regionprops 

# Add custom measurements by passing functions as ``extra_properties``
from skimage import data,regionprops
import numpy as np

img = util.img_as_ubyte(data.coins()) > 110
label_img = label(img,connectivity=img.ndim)

def pixelcount(regionmask):
    return np.sum(regionmask)

props = regionprops(label_img,extra_properties=(pixelcount,))

props[0].pixelcount
    7741
props[1]['pixelcount']
    42
computer-visionnumpypythonscikit-imagesuperpixels