由于CPU或内存问题，我无法在R ..中运行summaryOverlaps函数？

问题描述

我正在尝试为RStudio中的RNA-Seq实验运行以下代码（例如

   > se <- summarizeOverlaps(features = ebg,reads = bamfiles,+                         mode="Union",+                         singleEnd=FALSE,+                         ignore.strand=TRUE,+                         fragments=TRUE)

但是，即使此错误已在我的设备上运行过，我仍然遇到以下错误：

Error in result[[njob]] <- value : 
  attempt to select less than one element in OneIndex
Error in serialize(data,node$con) : error writing to connection

这是我的变量的分配，以供进一步使用：

> bamfiles <- list.files("C:/Users/Desktop/Research/Summer 2020/YFV-17D",".bam")
> file.exists(bamfiles)
 [1] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE'
> bamfiles <- BamFileList(bamfiles,yieldSize=200000)
> ebg <- exonsBy(txdb,by = "gene")

有人知道导致此错误的原因或原因吗？我以前用完全相同的变量赋值来运行summaryOverlaps，却没有任何问题。

如果还有更多细节可以解决，我很乐意提供这些信息，请给我任何反馈，以便我在下一个问题上做得更好。仍然在解决堆栈溢出的问题。

解决方法

暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！

如果你已经找到好的解决方法，欢迎将解决方案带上本链接一起发送给小编。

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