在ggplot条形图中的每个x轴内的多个条之间添加显着性星号

问题描述

我正在尝试在ggplot条形图中指出与我的每个x轴标签中的控件相比有哪些明显不同的处理方法。 我将分类法作为x轴，每个分类中有四个不同的条形，将每种分类法的实验处理和生长指示为y轴。

我附上了使用提供的代码（从代码中消除了误差线）以及一些虚拟数据（其中“ Y”表示控制的重要性）制作的示例图的屏幕截图（如果更容易，请随意编号）

我曾经尝试使用geom_signif，但似乎无法在同一x轴列中添加多个比较结果，从而表明仅列之间存在差异。

我还尝试用每个星号的值绘制geom_point，但无法将星号与其各自的处理条对齐。

任何帮助将不胜感激。

ggplot(Experiment,aes(x=Taxa,y=Growth,fill=Treatment)) + 
  geom_bar(stat="identity",size=0.5,color="black",position=position_dodge())+
  scale_fill_manual(values=colorsvalue,name = expression(paste(Treatment)),labels=leglabs,position="top")+
  ylab(expression( Growth~ (day^{-1})))+
  theme_classic()+
  theme (axis.title.x=element_blank()) +
  scale_x_discrete (labels = xlabs)+
  theme (axis.text.x = element_text(angle=90,hjust=1,size=10))+
  theme(text = element_text(size=20))

图

样本数据

解决方法

一种方法是绘制包含“ Y”作为星号的因子。您可以通过首先将每个值的位置计算为new.x并使用新的y值进行偏移来实现。您可以将new.y值调整为适合您需要的值。因为每个图上都有四个图，所以条形图的中心是两端的（0.25 + 0.5）/ 2，中间条是（0.25 + 0）/ 2。负数在条形图的左侧。作为参考，我在this question.

上使用了第二个示例

library(dplyr)
    Experiment <- Experiment %>% mutate(new.x = ifelse(Treatment == "0.25",-0.375,ifelse(Treatment == "Control",-0.125,ifelse(Treatment == "D. magna",0.125,0.375))) + 
                                                as.numeric(as.factor(Taxa)))
    Experiment$new.y <- Experiment$Growth +1
    
    ggplot(Experiment,aes(x=Taxa,y=Growth,fill=Treatment)) + 
      geom_col(size=0.5,color="black",position=position_dodge())+
      geom_point(data=subset(Experiment,Star == 'Y'),aes(x=new.x,y=new.y),shape=8,show.legend=FALSE) +
      #scale_fill_manual(values=colorsvalue,name = expression(paste(Treatment)),labels=leglabs,position="top")+
      ylab(expression( Growth~ (day^{-1})))+
      theme_classic()+
      theme (axis.title.x=element_blank()) +
      #scale_x_discrete (labels = xlabs)+
      theme (axis.text.x = element_text(angle=90,hjust=1,size=10))+
      theme(text = element_text(size=20))

,

内置在this answer中的技巧是将position_dodge的宽度设置为0.9以使点与条对齐。然后，您可以将形状添加到原始aes中，但将一个形状设置为NA，将一个形状设置为8（星号）。您也可以在aes的{​​{1}}中添加1。

geom_point

数据

ggplot(Experiment,aes(x = Taxa,y = Growth,fill = Treatment,shape = star)) + 
  geom_bar(stat = "identity",color = "black",position = position_dodge()) +
  geom_point(aes(y = Growth + 1),position = position_dodge(0.9),show.legend = FALSE) +
  scale_shape_manual(values = c(NA,8))

---

编辑

一个带有负数的示例，它使用structure(list(Taxa = c("Cyano","Cyano","Dolicho","Gompho","Nosto","Nosto"),Treatment = c("Control","D. pulex","D. magna","0.25","Control","0.25"),Growth = 2:17,star = c("","Y","","Y")),class = "data.frame",row.names = c(NA,-16L)) 语句在恒星的y位置加1或减去。

ifelse

带负数的数据

ggplot(Experiment,fill=Treatment,shape = star)) + 
  geom_bar(stat="identity",position=position_dodge()) +
  geom_point(aes(y = ifelse(Growth > 0,Growth + 1,Growth - 1)),position=position_dodge(0.9),show.legend=FALSE) +
  scale_shape_manual(values = c(NA,8))