问题描述
我正在运行一个长的docker命令
docker exec -t -i 9f5865473027 cloudgene run imputationserver@1.4.1 --files /illumina/runs/con/chrX_impute/ALL.chrX.PAR2.phase3_v5.shapeit2_mvncall_integrated.noSingleton.genotypes.vcf.gz --refpanel apps@1000g-phase-3-v5@2.0.0 --conf /etc/hadoop/conf --population AFR --mode qconly --output /illumina/runs/con/chrX_impute
但这给出了错误
Error: Input Files (<a href="http://www.1000genomes.org/wiki/Analysis/Variant%20Call%20Format/vcf-variant-call-format-version-41" target="_blank">VCF</a>): file '/illumina/runs/con/chrX_impute/ALL.chrX.PAR2.phase3_v5.shapeit2_mvncall_integrated.noSingleton.genotypes.vcf.gz' not found.
为什么docker没有找到带有绝对路径（甚至是相对路径）的文件？我该如何使docker找到该文件？
即使我这样做
docker exec -it 9f5865473027 ls /illumina/runs/con/chrX_impute/ALL.chrX.PAR2.phase3_v5.shapeit2_mvncall_integrated.noSingleton.genotypes.vcf.gz
我仍然得到ls: cannot access /illumina/runs/con/chrX_impute/ALL.chrX.PAR2.phase3_v5.shapeit2_mvncall_integrated.noSingleton.genotypes.vcf.gz: No such file or directory
当我执行docker exec -it 9f5865473027 ls .时，它似乎位于/或绝对顶层目录中，但是使用此信息并输入文件名时不使用/，因此docker exec -it 9f5865473027 ls illumina/runs/con/chrX_impute/ALL.chrX.PAR2.phase3_v5.shapeit2_mvncall_integrated.noSingleton.genotypes.vcf.gz >
Docker仍然找不到文件：（
我可以通过docker的ls看到更高的目录，但是我所在的目录docker exec -it 9f5865473027 ls illumina/runs/con/chrX_impute神秘地显示为空（不是）
解决方法
解决此问题的方法是将文件复制到容器中。每个“容器”似乎都像是一台单独的计算机。
我要做的就是
docker cp ALL.chrX.PAR2.phase3_v5.shapeit2_mvncall_integrated.noSingleton.genotypes.vcf.gz 9f5865473027:/illumina/runs/con/chrX_impute/
，然后文件显示为
docker exec -it 9f5865473027 ls illumina/runs/con/chrX_impute
ALL.chrX.PAR2.phase3_v5.shapeit2_mvncall_integrated.noSingleton.genotypes.vcf.gz