如何将PDB坐标移动到另一点？

问题描述

我需要将聚合物的PDB移动到蛋白质附近。我已经使用Biopython尝试了以下代码，

import numpy
import Bio
from Bio.PDB import *
from Bio.PDB.PDBParser import PDBParser
parser = Bio.PDB.PDBParser()
io = PDB.PDBIO()
struct = parser.get_structure('1abz','pegm.pdb')
rotation_matrix = rotaxis2m(180,Vector(17.42804221,30.18129221,13.28647078))
translation_matrix = numpy.array((4.0,37.822,45.0),'f')
for atom in struct.get_atoms():
    atom.transform(rotation_matrix,translation_matrix)

io = PDBIO()
io.set_structure(struct)
io.save("1eaz_rotated.pdb")

向量“ 17.42804221、30.18129221、13.28647078”是聚合物的中心。 “ 4.0、37.822、45.0”是我需要将聚合物移动到的原子的坐标。不幸的是，聚合物距离原子的距离不够。

任何帮助将不胜感激。

谢谢。

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