无法在服务器上的闪亮应用中渲染图，但可以在本地和Rstudio服务器上工作

问题描述

我已经被这个问题困扰了好几天了。

我正在构建一个闪亮的应用程序，用户可以在其中选择一个数据集，然后服务器将读取相应的.rds文件并渲染图。绘图工具需要软件包Seurat。

当我在本地测试时，它可以工作。然后，我将其部署到我们大学托管的闪亮服务器上，这些应用程序也可以在Rstudio服务器上正常运行。

但是，当我通过外部链接时，没有显示任何图，说：“发生了错误。请检查您的日志或联系应用作者以进行澄清。”

我四处搜寻，发现了可能与环境有关的原因：

文件路径我确实进行了检查，并且由于我在同一台机器上进行了测试（Rstudio服务器与闪亮的服务器相同），所以这可能不是问题吗？
包装当我在闪亮的app.R的开头加载库（Seurat）时，外部链接会失败，但是Rstudio服务器运行良好。因此，我尝试了ggplot2来测试它是否是程序包问题，是否可以毫无问题地加载它并绘制图。

具体来说，这似乎是Seurat兼容性的问题，但是为什么在同一台计算机上它可以在Rstudio服务器中工作呢？ Seurat社区表示此问题已在新的CRAN版本（3.2.0）中得到解决，但是为什么我仍然遇到此问题？如何解决.. ??

这些是我注意到的，希望您的专家能给我一些想法...

以下是读取.rds和渲染图的代码：

# read .rds
germ <- readRDS(file.path(paste("/srv/shiny-server/GermlinAtlas/data/",input$dataset,".rds",sep="")))

# render plot
observeEvent(input$dataset,{
  if (is.null(input$dataset)) return(NULL)
     if (is.null(input$gene)) return(NULL)
          infile <- isolate(input$dataset)
          germ <- readRDS(file.path(paste("/srv/shiny-server/GermlinAtlas/data/",infile,sep=""))) # read .rds
          gene <- isolate(input$gene)
          
          x <- rnorm(100)  # for ggplot test
          y <- rnorm(300)  # for ggplot test
          output$dim <- renderPlot({
            DimPlot(germ,reduction = "umap") # plot with Seurat
            plot(x,y[1:100]) # plot with ggplot2
          })
          output$featureplot <- renderPlot({
            FeaturePlot(germ,input$gene) # plot with Seurat
          })
        })

Rstudio服务器的

输出：

服务器（用户端）的

输出：

解决方法

暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！

如果你已经找到好的解决方法，欢迎将解决方案带上本链接一起发送给小编。

小编邮箱:dio#foxmail.com (将#修改为@）

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