Bookdown未合并，导致隐式链接出现问题

问题描述

我的真正问题是一本300页的书在过去还不错，但是现在无法识别到数百个页眉的数百个隐式链接，而是考虑一个名为“ test”的新书本项目，其中内容页面减少了3简单文件：

index.Rmd
01-test.Rmd
02-test.Rmd

和其他文件均未触及，除了在keep_md: yes中添加_output.yml以便在渲染后查看合并的.md文件。

使用Build Book> bookdown::pdf_book会产生test.pdf，但也会产生test.md：

--- 
title: "test"
site: bookdown::bookdown_site
documentclass: book
---

# foo
bla bla [bah] and [foo]
 
<!--chapter:end:index.Rmd-->

# bah
bla bla [baz]

<!--chapter:end:01-test.Rmd-->
    
# baz
bla bla [foo]
<!--chapter:end:02-test.Rmd-->

但是在PDF中（或当导出到html书中时），只有第一个[foo]会成为指向foo章的链接，但是其他三个隐式链接在PDF中将显示为纯文本。也就是说，隐式链接仅在一个章节中起作用，而在章节之间不起作用。

然后我意识到Rstudio的构建窗格显示：

/usr/bin/pandoc +RTS -K512m -RTS ./index.split.md ./01-test.split.md 
./02-test.split.md  --to latex ...

此外，直接呈现test.md（将site: bookdown::bookdown_site替换为output: pdf_document到YAML标头，并使用“预览PDF”）所有隐式链接都有效，因此很明显书本正在合并带有pandoc的LaTeX输出，而不是传递给合并的markdown文件以pandoc。

假设，书本中的默认呈现方法是“ Merge and knit”。我在new_session: yes中玩过new_session: no和_bookdown.yml来改变渲染方式，但没有任何改变。

我知道使用[foo](#foo)而不是[foo]可以使用任何渲染方法，但是更改一本已经很大的书中的每个链接都很麻烦，并且将合并的文件导出到我自己很烦，所以问题是：

如何强制预订以再次导出合并的Markdown而不是将LaTeX或HTML输出与pandoc合并？

问题似乎与软件版本有关，这是我的实际系统和相关的R软件包版本：

Linux Mint 20
RStudio 1.3.1073
R version 3.6.3 (2020-02-29)
pandoc 2.10.1
bookdown_0.20
markdown_1.1
rmarkdown_2.3
knitr_1.29
rstudioapi_0.9.0
tinytex_0.25
yaml_2.2.1

解决方法

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