Python子进程带有读取行的Popen内存错误

问题描述

我正在编写一个python脚本，该脚本必须启动给出大量输出的子进程（此输出不得在我的工作环境中编写）。所以我先使用Subprocess.Popen然后使用subprocess.stdout.readline()。

不幸的是，经过几次测试和研究，我无法解决我的记忆问题。经过process.stdout.readline（）的几次迭代后，我得到了超出范围错误的列表索引，但是由于我可以打印出``问题''值，所以我认为问题是内存问题。

我知道subprocess.Popen()正在独立于主进程启动一个新的子进程，是否有办法为该子进程提供一定的内存？ /减少使用的内存量？

我尝试直接在外壳中运行子进程，如果有帮助，它在大约8小时内消耗了803MB。

这是我的代码的一部分，返回了错误：

process = subprocess.Popen(["samtools mpileup -a -Q 0 -r " + REFERENCE + " -f " + REFERENCE + " " + BAM],stdout = subprocess.PIPE,shell=True,universal_newlines=True)

mpileup_line = process.stdout.readline().strip("\n").split("\t")

while ((int(mpileup_line[3])<COVERAGE) and (int(mpileup_line[1]) != int(gff_line[3]))):
          if (i != int(gff_line[7])-1):
                    mpileup_line = process.stdout.readline().strip("\n").split("\t")

这是错误：

[mpileup] 1 samples in 1 input files
  Traceback (most recent call last):
    File "/work/cbirbes/axis1-assembly/errorCorrection_Pipeline/bin/Reductor.py",line 109,in <module>
      while ((int(mpileup_line[3])<COVERAGE) and (int(mpileup_line[1]) != int(gff_line[3]))):
  IndexError: list index out of range

正如我所说，在错误发生之前，我们可以同时打印int(mpileup_line[3]),COVERAGE,int(mpileup_line[1])和int(gff_line[3])

解决方法

暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！

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python python-3.x subprocess