使用XML2从PubMed XML产生数据框

编程问答 2022-08-15

问题描述

我已经在生成此代码方面获得了一些帮助：

library( xml2 )
library( magrittr )

#read the xml-data
doc <- xml2::read_xml( "https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=pubmed&id=20301425&retmode=xml" )

pmid    <- xml2::xml_find_first( doc,".//PMID") %>% xml2::xml_text()
authors <- paste( 
  xml2::xml_find_all( doc,".//AuthorList[@Type = 'authors']/Author/LastName") %>% xml2::xml_text(),xml2::xml_find_all( doc,".//AuthorList[@Type = 'authors']/Author/ForeName") %>% xml2::xml_text(),sep = "," )
affiliate <- xml2::xml_find_all( doc,".//AuthorList[@Type = 'authors']/Author/AffiliationInfo/Affiliation") %>% xml2::xml_text()

df <- data.frame( pmid = pmid,authors = authors,affiliate = affiliate )

此代码创建了一个数据框，提取了有关pmid，作者和隶属关系的信息。我的下一个问题是，您可以从关联信息中提取有关州/国家/地区的特定信息，以便在数据框中有一个包含此信息的附加列吗？ enter image description here

解决方法

暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！

如果你已经找到好的解决方法，欢迎将解决方案带上本链接一起发送给小编。

小编邮箱:dio#foxmail.com (将#修改为@）

magrittrpubmedrrxml2xml2