如何根据R中的分组值列出列中的行值？

问题描述

嘿，

我有一个输入文件，该文件具有一列具有基因ID的列，然后具有一个GO术语，每个基因具有多行（从1到> 20的任何位置）。我需要生成的格式中，每个唯一的基因ID都有一行，第二行中的GO项用分号分隔。

我的数据：

GeneID    GO
am1001    190909
am1001    600510
am1002    500050
am1002    432323
am1002    100209

所需的输出：

GeneID    GO_list
am1001    190909; 600510
am1002    ​50050; 432323; 100209

我尝试过类似How to create new columns in a data.frame based on row values in R?的操作，但没有成功。

在此先感谢您的建议！ ：）

解决方法

我建议使用下一种base R方法：

#Data
df <- structure(list(GeneID = c("am1001","am1001","am1002","am1002"),GO = c(190909L,600510L,500050L,432323L,100209L
)),class = "data.frame",row.names = c(NA,-5L))

代码：

#Aggregation
aggregate(GO~GeneID,data=df,FUN = function(x) paste0(x,collapse = '; '))

输出：

  GeneID                     GO
1 am1001         190909; 600510
2 am1002 500050; 432323; 100209