如何从VTP XML文件读取数据

问题描述

我正在尝试从VTKFile type =“ polyData”的.vtp文件读取数据

在标准文本编辑器中打开的.vtp文件看起来像

<?xml version="1.0"?>
<VTKFile type="polyData" version="0.1" ... >
<polyData>
  <Piece NumberOfPoints="99686"  NumberOfVerts="0"   NumberOfLines="0"                                
         NumberOfStrips="0"    NumberOfpolys="199368"              >
  <PointData>
      <DataArray type="UInt8" Name="name1" format="appended" ... />
      <DataArray type="Int16" Name="name2" RangeMax="589" .../>
  </PointData>
  <CellData>
  </CellData>
  <Points>
    <DataArray type="Float32" Name="Points" NumberOfComponents="3" ... />
  </Points>
  <Verts>

我可以通过以下方式读取文件：

reader = vtk.vtkXMLpolyDataReader()
reader.SetFileName(path_to_file)
reader.Update()
polyDataOutput = reader.Getoutput()

我可以通过numpy数组访问所有点的坐标

from vtk.util.numpy_support import vtk_to_numpy

polydata = reader.Getoutput()
points = polydata.GetPoints()
array = points.GetData()
point_coordinates = vtk_to_numpy(array)

，但仅适用于vtk == 8.1.2，而不适用于vtk == 9.x

现在，我需要获取隐藏在PointData“ name1”和“ name2”中的数据作为numpy数组。我可以通过以下方式访问PointData

pointData = polydata.GetPointData()

但是当我尝试使用vtk_to_numpy进行转换时，我得到了错误

AttributeError: 'vtkCommonDataModelpython.vtkPointData' object has no attribute 'GetDataType'

如何以numpy数组或pyhton列表访问PointData的数据？

解决方法

name1 = pointData.GetArray('name1')
name1_array = vtk_to_numpy(name1)

似乎可以达成协议。

这时您的代码正确，并且读取了数据并将其包含在vtkPolyData类型的polyDataOutput变量中，有关c ++ doc https://vtk.org/doc/nightly/html/classvtkPolyData-members.html的信息，请参见此处（Python与同一API一样，请参见：{{ 3}}）

然后，vtk代表Visualization Toolkit，因此，如果通过显示表示3d视图，请在此处查看： https://gitlab.kitware.com/vtk/vtk/-/blob/master/Wrapping/Python/README.md

对于numpy集成，可以使用dataset_adaptor模块：https://lorensen.github.io/VTKExamples/site/Python/IO/ReadPolyData/。

您还可以使用vtk_to_numpy模块（from vtk.util.numpy_support import vtk_to_numpy）将数据数组转换为numpy

python-3.x vtk