问题描述
我必须对基因表达数据进行PCA分析。我有n个癌细胞系中前500个最易变基因的基因表达数据。一切正常。我只想确保我的方法是正确的。我是新来的。
我从基本R stats包给prcomp
函数的输入是一个数据矩阵,如下所示:
基因名称是同名,癌症类型(样品名称)是行名。这是正确的格式吗?或者我应该在运行prcomp
之前转置矩阵,因为在colnames中,样品名(癌症类型)将是样品名,而在基因名称中将是行名。
这可能是一个愚蠢的问题,但对我来说有点困惑。我想看看数据的方向是什么,并且有任何批处理效果。
任何建议都会有所帮助。 预先非常感谢。
解决方法
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