矩阵上的T检验

编程问答 2022-08-13

问题描述

我正在尝试将t检验应用于RNAseq数据的TPM值矩阵，但是我的代码出现错误。我是R的新手，所以我仍在学习编写脚本。我的文件有7列-第一个是基因列表，2：4是group1中的重复项，而5：7是group2中的重复项。该错误是找不到函数“ matrix.t.test”。如何解决？

# Read file
T <- read.table("./rnaseq_tpm_matrix_S_24v0.csv",sep=",",header=TRUE)
# Assign groups of data
x <- T[i,grep('^Sample_S_0',names(T))]
y <- T[i,grep('^Sample_S_24',names(T))]
# Calculate average of each group for each gene
group1_avg <- as.matrix(sum(x)/length(x))
group2_avg <- as.matrix(sum(y)/length(y))
# Calculate log2 (TPM +1)
x <- log2(as.matrix(group1_avg)+1)
y <- log2(as.matrix(group2_avg)+1)
dat <- data.frame(values=c(x,y),vars = rep(c("Sample_SKOV3_0","Sample_SKOV3_24"),times = c(length(x),length(y))))
# Apply t-test
matrix.t.test(dat,MARGIN = 1,n1 = if (MARGIN == 1) floor(ncol(dat)/2)
  else floor(nrow(dat)/2),n2 = if (MARGIN == 1) ncol(dat) - n1 else 
      nrow(dat) - n1,pool = TRUE,pOnly=TRUE,tOnly = FALSE)

Error in matrix.t.test(dat,n1 = if (MARGIN == 1) floor(ncol(dat)/2) else floor(nrow(dat)/2),: 
  Could not find function "matrix.t.test"

Sample Data

解决方法

暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！

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matrixrrt-test