如何为依赖rJava的程序包配置.travis.yml？

问题描述

我（和一些同事）一直在研究依赖于rJava的软件包。我们连接到的程序需要运行Java 11+，并且在尝试配置.travis.yml文件时遇到了一些问题。

我尝试遵循this answer的解决方案（同时使它们适应Java 11），但似乎没有一个可行。首先，我尝试过：

language: r
warnings_are_errors: true
sudo: required
cache: packages

apt_packages:
  - r-cran-rjava

但是我收到以下错误消息：

Failed with error:  ‘.onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava',details:

  call: dyn.load(file,DLLpath = DLLpath,...)

  error: unable to load shared object '/home/travis/R/Library/rJava/libs/rJava.so':

  libjvm.so: cannot open shared object file: No such file or directory’

然后我尝试了第二种方法：

language: r
warnings_are_errors: true
sudo: required
cache: packages

apt_packages:
  - default-jdk

before_install:
  - export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64
  - export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin
  - export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/lib
  - sudo R CMD javareconf

此错误消息引起的后果：

sudo: R: command not found

The command "sudo R CMD javareconf" failed and exited with 1 during .

我尝试不使用sudo，但随后我发现我没有所需的权限。

我觉得解决方案可能很明显，但是我已经坚持了很长时间。

解决方法

这是因为R在用户的PATH中，但是sudo忽略了它，只在几个系统位置中查找。通过在用户级别解析完整路径可以轻松解决此问题：

  - sudo $(which R) CMD javareconf

这会将R的完整路径插入到sudo命令中。

请注意，javareconf脚本看起来足够聪明，可以在标准位置检测Java，因此在调用之前无需导出JAVA_HOME，PATH或LD_LIBRARY_PATH它。

我得到了以下.travis.yml文件：

language: r
cache: packages
warnings_are_errors: true
sudo: required

apt_packages:
  - r-cran-rjava

before_install:
  - sudo $(which R) CMD javareconf