R中的簇群和角质族

问题描述

我想创建一个数据框，其中包含我的行名，根据hclust的顺序以及根据cutree的组成员身份。我很难协调这些功能的输出。

d <- dist(USArrests)
hc <- hclust(d)
pheatmap::pheatmap(as.matrix(d)[hc$order,hc$order],cluster_cols = F,cluster_rows = F) # what I expect to see

data.frame(
  state = hc$labels,hc = cutree(hc,h = 0),# hc doesn't match heat map
  family = cutree(hc,k = 5) # family order doesn't agree with hc order
)

根据我对层次结构集群的理解，hc和family应该都处于同一顺序。例如：

hc     = 1 2 3 4 5 6 # smallest to greatest
family = 1 1 2 2 2 3 # smallest to greatest

更新：

这为我提供了我想要的结果，我想看看是否有更简单的方法

data.frame(state = hc$labels[hc$order],row = 1:length(hc$labels),family = cutree(hc,k = 5)[hc$order]
)

解决方法

暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！

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