无法设置R,OpenMP和glmmTMB

问题描述

我正在研究几个似乎需要大量计算能力的复杂模型。我目前正在使用R包“ glmmTMB”来说明时空自相关和随机效应。从理论上讲,glmmTMB应该能够使用并行化运行得更快:https://cran.r-project.org/web/packages/glmmTMB/vignettes/parallel.html

如果您的操作系统支持OpenMP并行化,并且使用 OpenMP,glmmTMB会自动从R的 Makevars并使用OpenMP支持编译C ++模型。如果标志是 不可用,则将使用串行编译模型 仅优化。

我决定不在我的个人计算机上运行这些模型,而是决定在HPC环境中设置虚拟计算机。如何在Ubuntu 20.04上使用OpenMP安装R?我找不到关于这个主题的任何东西。

解决方法

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