Rdkit工程图-隐藏不移除氢

问题描述

我试图突出测试分子中的碳位置，同时隐藏隐含的氢。这出乎意料地复杂，因为我有两个复合问题，每个问题都有一个解决方案，但不兼容。

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw
from rdkit.Chem.Draw import rdMolDraw2D
from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
from IPython.display import SVG
import rdkit

Molblock = 'molblock @R_396_4045@ion here'
mx = Chem.MolFromMolBlock(Molblock,sanitize=False)# this molblock already provides an atom map,which I must remove to keep from displaying all assignments in the final image


def remove_atom_indices(mol):
    for a in mol.GetAtoms():
        a.SetAtomMapNum(0)

remove_atom_indices(mx) # remove atom indicies,to keep them from being displayed - can this be passed as an arg? 
highlight = [96,89,113] # locations of atoms I wish to highlight,fetched from indicies which are Now removed
drawer = rdMolDraw2D.MolDraw2DSVG(500,500) # I want to actually see this with eyeballs
# mx=Chem.RemoveHs(mx) #this does not work - assuming it rewrtires the indicies and is Now incompatable when they are removed
drawer.DrawMolecule(mx,highlightAtoms=highlight)
drawer.FinishDrawing()
svg = drawer.GetDrawingText().replace('svg:','')
SVG(svg)

在以下情况下，我可以生成图像文件：

我没有提供高亮原子列表-这不是重点，这是重点。
我不会隐藏隐含的氢-这是“好...我想”，除了在大型结构中，这会产生巨大且难以读取的支架。

如果允许以下任一解决方案，那将是很好的选择：

仅在结构中不渲染1H，而是将其保留在mol文件中（用于索引）
渲染图像不显示原子图编号-无法找到如何删除它们的方法。

解决方法

抱歉，如果我没有正确理解您的问题，但是如果氢是隐式的，您不需要直接修改 mol 对象来阻止它们显示。您可以使用 RDKit Cookbook 中的以下代码片段：https://rdkit.org/docs/Cookbook.html#without-implicit-hydrogens

for atom in m.GetAtoms():
    atom.SetProp("atomLabel",atom.GetSymbol())

至于隐藏原子索引，您可以像这样修改drawOptions：http://rdkit.blogspot.com/2020/04/new-drawing-options-in-202003-release.html#Atom-and-bond-indices

drawer.drawOptions().addAtomIndices = False

这是一个线程，其中包含有关 RDKit 如何处理氢的更多信息：https://sourceforge.net/p/rdkit/mailman/message/36699970/

python rdkit