如何创建使用2个数据集R中的数据的PCA绘图函数？

问题描述

我正在R中创建PCA绘图函数，该函数使用来自2个数据集的数据：RNA数据和表型数据。 RNA数据包括ID，样品和值

ID样本1样本2样本3

和表型数据包含样本和年龄和细胞类型等因素

采样因子1因子2因子3因子4

我要创建的是一个自定义PCA图，该图使用数据作为PCA分数

PCA_plot <- function(data,phenotype){
datapca1 <-prcomp(scale(data[-1]),center = T,scale = T)
contributions<-summary(datapca1)$importance[2,]*100
#select the scores and plot them,including the contributions
dataScores12 <-data.frame(datapca1$x[,1:2])

ggplot(dataScores12,aes(x=PC1,y=PC2))+
geom_point(#I wanna group it by Phenotype$sample)+
  theme_bw(base_size=16)+theme(legend.position = "bottom")+
    xlab(paste("PC1",contributions[1],"%"))+
    ylab(paste("PC2",contributions[2],"%"))
}

我想按Phenotype $ sample或Phenotype $ factor4对其进行分组，如何通过ggplot创建此函数？预先谢谢你

解决方法

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pca r r