在奇点内运行conda

编程问答 2022-08-13

问题描述

我想以单个命令运行conda命令。 命令是：

singularity exec ~/dockerimage.sif conda

它会产生一个错误：

/.singularity.d/actions/exec: 9: exec: conda: Permission denied

这是我的dockerfile：

FROM ubuntu:20.04

ARG DEBIAN_FRONTEND=noninteractive

RUN apt-get update && apt-get install -y apt-utils wget=1.20.3-1ubuntu1 python3.8=3.8.2-1ubuntu1.2 python3-pip=20.0.2-5ubuntu1 python3-yaml=5.3.1-1  git=1:2.25.1-1ubuntu3
RUN wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py38_4.8.3-Linux-x86_64.sh && chmod +x Miniconda3-py38_4.8.3-Linux-x86_64.sh && ./Miniconda3-py38_4.8.3-Linux-x86_64.sh -b && cp /root/miniconda3/bin/conda /usr/bin/conda
RUN wget https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2020.8-py36-linux-conda.yml && conda env create -n qiime2-2020.8 --file qiime2-2020.8-py36-linux-conda.yml && conda install -y -n qiime2-2020.8 -c conda-forge -c bioconda -c qiime2 -c defaults q2cli q2template q2-types q2-feature-table q2-Metadata vsearch snakemake

我应该添加到Dockerfile中什么？它将如何工作？

解决方法

您正在使用conda默认设置进行安装，这会将其放置在当前用户的家中。该用户为root。奇点将以您当前的用户身份运行，因此，除非您以root用户身份运行，否则conda文件将不可用。

  1. 修改conda install命令以设置安装前缀：-p /opt/conda（或其他任意位置）
  2. 确保任何用户都可以访问使用conda安装的文件：chmod -R o+rX /opt/conda
  3. 更新PATH以包含conda：export PATH="$PATH:/opt/conda/bin"
  4. 运行图像时，请确保环境变量未覆盖容器中的环境变量：singularity exec --cleanenv ~/dockerimage.sif conda
condadockerfilesingularity-container