Pheatmap：更改与colData有关的注释

问题描述

我试图根据DESEq对象的成对比较来创建热图，但是我希望行和列的标签与元数据相关，而不是作为示例名称。

实验设置：我只是拥有3种不同的细胞类型，每一种都有3个重复 目标：制作一个热图，使这些细胞类型根据成对的相关值聚类

到目前为止，我做了什么以及数据如何显示：

带有示例信息的数据框：

> sample_info[,1:3]
    Sample                Cell_type Treatment
AM1    AM1     Alveolar_macrophages   healthy
AM2    AM2     Alveolar_macrophages   healthy
AM3    AM3     Alveolar_macrophages   healthy
IM1    IM1 Interstitial_macrophages   healthy
IM2    IM2 Interstitial_macrophages   healthy
IM3    IM3 Interstitial_macrophages   healthy
T1      T1                  T_cells   healthy
T2      T2                  T_cells   healthy
T3      T3                  T_cells   healthy

具有读取计数的数据框：

> head(only_counts)
               AM1    AM2    AM3    IM1    IM2    IM3     T1     T2     T3
let-7a-1-3p   1383    930   1321    621    734    347    325    355    911
let-7a-2-3p      0      0      0      1      1      4      0      0      0
let-7a-5p   396731 293379 408655 177221 165887 152788 295030 331667 457912
let-7b-3p       40     24     23    151    172     87     81    140    170
let-7b-5p     5889   3051   2353  16342  15507  10990  31974  30384  34134
let-7c-1-3p      4      2      0    103     83     65      0      0      0

DESEq对象：

dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = only_counts,colData = sample_info,design= ~ Cell_type)

转换和计算：

vsd <- varianceStabilizingTransformation(dds,blind=T)
vsd_mat <- assay(vsd) #extract the vst matrix
vsd_cor <- cor(vsd_mat) #compute pairwise correlation values

热图

pheatmap(vsd_cor,main="Hierarchical clustering",annotation = colData(dds)$Cell_type)
Error in `[.default`(annotation_col,colnames(mat),drop = F) : 
  incorrect number of dimensions

当我做简单的热图时： pheatmap（vsd_cor， main =“ Herarchical clustering”）

但是我希望显示的不是单元格名称，而是显示单元格类型（colData（dds）$ Cell_type）

我尝试过类似的操作，但是没有用：

pheatmap(vsd_cor,annotation = sample_info$Cell_type)

pheatmap(vsd_cor,annotation_col = colData(dds)$Cell_type,annotation_row=colData(dds)$Cell_type)

pheatmap(vsd_cor,annotation_col = sample_info$Cell_type,annotation_row=sample_info$Cell_type)

解决方法

如果有人有相同的问题，我想通了： 得到相关矩阵后：

rownames(vsd_cor) <- paste(sample_info$Cell_type)
colnames(vsd_cor) <- paste(sample_info$Cell_type)
pheatmap(vsd_cor,main="Hierarchical clustering")