如何在R中具有lme的模型中包含不完整的块设计？

问题描述

我有一个包含嵌套因子和不完整块的析因设计：

• 因子1：树基因型（位于基因型起源中）-11级，每级3个重复
• 因子2：基因型起源-5个级别，每个级别3至5个基因型
• 因子3：承印物类型-3级
• 方块：在温室中种植树木的12张桌子

我首先用gls（nlme）编写了一个模型：

mod <- gls(shannon ~ Substrate*Genotype + Table,correlation = corCompSymm(form = ~ Genotype|Origin),weights = varIdent(form = ~ 1|Table),data = my_data,na.action = "na.omit")

我向一位同事寻求有关我的模型的帮助，以了解这是否是正确的方法，他建议我使用lme而不是gls。我之所以使用gls，是因为我知道“表格”的影响是很大的，并且我想删除带有权重的“表格”产生的方差，以便更好地评估“替代”和“基因型”的影响。

因此，我的问题是：我的模型是否可以使用gls还是应该按要求使用lme？如果我应该使用lme，有谁知道我应该如何编写该模型？

解决方法

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