我的工作流程忽略了通过Inputfunction确定的路径

问题描述

我有两条可能的三位一体之路：无基因组（GF）和基因组指导（GG）。为了决定采用哪种方式，我使用了配置中的变量GUIDED，并根据它给出了GG或GF部分创建的文件的路径。

问题在于，不管Input函数返回什么，snakemake总是尝试运行GG部分。 （除了c之外）

def GenomeDependentinput()->str:
guided = config["GUIDED"]
if guided == "GF":
    print(rules.aggregate_GF.output.fasta) #this print is run by snakemake and gives the correct path ...Results/trinityGF/{species}_Trinity_GF.fasta
    return rules.aggregate_GF.output.fasta
elif guided == "GG":
    print(rules.aggregateTrinity.output.fasta) # this is not (good)
    return rules.aggregateTrinity.output.fasta
else:
    raise ValueError("Please fill in the GUIDED variable in the config")
    

rule Transdecoder:
    input:
        fasta = GenomeDependentinput()
    output:
        pep = path.join(TRANS_DIR,"{species}",path.basename(GenomeDependentinput()) + ".transdecoder.pep")
    envmodules:
        config["PERL"],config["python3"]
    script:
        "scripts/TransDecoder.py"

解决方法

所以我发现，另一条规则仅使用GG部分，我也不得不在其中使用GenomeDependentInput函数。

此外，由于尚未将Transdecoder的输出用作输入，因此Transdecoder规则甚至都没有激活。

也许这会对其他人有帮助，所以我就把它留在这里。