如何为ggplot2 boxplot中的各个方面运行和注释单独的TukeyHSD？

问题描述

我不太擅长R语言，并且正在尝试将这段代码组合在一起，但我不太希望这样做。我真的很感谢任何帮助！

我想在ggplot箱图中的各个方面中的治疗组之间执行TukeyHSD测试。不过，目前，我的图形在图形中的所有方框图中都应用了一个TukeyHSD，这导致了如图所示的大量分组：

my current plot

正如我提到的，最好让TukeyHSD在单独的“ Depth”深度上运行，然后将其分离为“ 0”，“ 5”和“ 30”。可以通过修改我一直在使用的代码来做到这一点吗？

data1 <- read.delim(file="clipboard")

data1$Treatment <- as.factor(data1$Treatment)
data1$Depth <- as.factor(data1$Depth)

model<- aov(MBC~Treatment*Depth,data=data1)
model
library(emmeans)
library('multcomp')
cld_dat = as.data.frame( cld(emmeans(model,~Depth*Treatment),Letters = letters ) )

ggplot(data1,aes(x=Treatment,y=MBC,fill=Treatment)) +
  geom_boxplot() + 
  ylab("MBC") +
  ggtitle("Melinis") +
  facet_wrap(~Depth,ncol=3) +
  geom_text(data = cld_dat,aes(y = 140,label = .group))

如果可能的话，还有一个问题：我如何将另一个y变量“ CB”添加为第二行，与我拥有第一行变量“ MBC”的方式相同？

谢谢您的任何建议！

        Treatment Depth    MBC        CB

解决方法

如果我正确理解哪个因素具有这些方面的水平，那么您需要的是

 cld(emmeans(model,~ Treatment | Depth))