输入文件中的snakemake通配符

问题描述

我对snakemake非常陌生，我正在尝试为每个样本创建一个merged.fastq。以下是我的Snakefile。

configfile: "config.yaml"
print(config['samples'])
print(config['ss_files'])
print(config['pass_files'])

rule all:
    input:
        expand("{sample}/data/genome_assembly/medaka/medaka.fasta",sample=config["samples"]),expand("{pass_file}",pass_file=config["pass_files"]),expand("{ss_file}",ss_file=config["ss_files"]) 

rule merge_fastq:
    input: 
        directory("{pass_file}")
    output: 
        "{sample}/data/merged.fastq.gz"
    wildcard_constraints:
        id="*.fastq.gz"
    shell:
        "cat {input}/{id} > {output}"   

其中，“样本”是样本名称的列表，
“ pass_files”是fastq_pass文件夹的目录路径的列表，其中包含小的fastq文件

我正在尝试将每个样本的小fastq文件合并为一个大的merged.fastq。

我得到以下内容，

无法从输出文件确定输入文件中的通配符： 'pass_file'

作为错误。

解决方法

暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！

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