问题描述
我试图在远程服务器（RHEL 7.8）中安装nco，但我不是root用户，这意味着我无法在终端中使用sudo或yum。然后，我按照nco（http://nco.sourceforge.net/src/）主页上的说明进行操作，其中建议采用预先构建的方式。所以我用了conda方法。但是当我使用conda install -c conda-forge nco时，速度太低。最后，我被告知解决环境不成功。之后，我在https://anaconda.org/conda-forge/nco的conda中搜索了nco，被告知conda install -c conda-forge/label/broken nco可以。是的，安装已完成。但是当我想使用命令ncap2时，有人告诉我
ncap2: error while loading shared libraries: libnetcdf.so.7: cannot open shared object file: No such file or directory
我检查了LD_LIBRARY_PATH，但找不到指向libnetcdf.so.7的链接。我使用find命令来查找libnetcdf.so.7的位置，但是正如您所知，我在服务器上运行，因此大多数访问都被拒绝。这是我的~/.bashrc：
export PATH="/home/xushan/anaconda3/bin:$PATH"
export PATH="$PATH:/home/xushan/openmpi/bin"
#export PATH= "$HOME/openmpi/bin:$PATH"
export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/home/xushan/openmpi/lib"
export VER_MPI="NOMPI"
export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/home/xushan/SURFEX_v8_1_public/open_SURFEX_V8_1/src/LIB"
#export VER_USER="FORC"
export PATH="/home/xushan/anaconda3/bin/ncdump:$PATH"
export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/home/xushan/anaconda3/lib"
奇怪的是，当我ls到/usr/local/lib时，什么都没有。
有什么办法可以帮助我完成安装？我尝试了http://nco.sourceforge.net/src/中建议的以下命令：
wget https://github.com/nco/nco/archive/4.9.4.tar.gz
tar xvzf 4.9.4.tar.gz
cd nco-4.9.4
./configure --prefix=/usr/local
make
sudo make install
export PATH=/usr/local/bin\:${PATH}
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib\:${LD_LIBRARY_PATH}
但是当我运行./configure --prefix=/usr/local时，我被告知
checking for /opt/local/include/netcdf.h... no
checking for /opt/local/lib/libnetcdf.a... no
checking netcdf.h usability... no
checking netcdf.h presence... no
checking for netcdf.h... no
configure: error: in `/home/xushan/nco-4.6.3':
configure: error: cannot find netCDF header
See `config.log' for more details
那么有没有人可以帮助我？非常感谢！ （问题是我找不到libnetcdf.so.7的位置……我是在远程服务器上编译某些东西的初学者...。特别是普通用户禁止使用soda和yum...。）
解决方法
您可以为conda创建一个新的nco环境。其依赖性可能与您当前环境中的某些程序冲突。
conda create -n myenv -c conda-forge python=3 nco
conda activate myenv
ncap2
更新20200914：针对以下后续评论，请理解Conda只是NCO的不错的安装程序，并确保您将所有依赖项和库放在一个地方。。只要Conda bin和lib dirs在您的路径中排在首位，无论是否在Bash脚本内，安装Conda的NCO都可以正常工作。